品質評価試験 エクソームシーケンス解析

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エクソームシーケンス解析

Twist社のライブラリー調製キットを用いてエクソームシーケンス用ライブラリーを調製した後、Illumina社の次世代シーケンサーを用いてシーケンスを行います。

目標出力データ量をご相談いただけます。

iPS細胞およびiPS細胞由来細胞の解析では深度100X前後のシーケンスデータを用いてSNV解析を実施しています。

特色
  • 当財団は、Twist Bioscience社が認定する、
    認証サービスプロバイダー
    (Twist NGS PROLAB)です。

    Twist社のTwist Library Preparation Kitでプレライブラリーを調製した後、Twist Human Core Exome+Twist Human refSeq Panelを用いてエクソン領域を濃縮。ゲノムのエクソン領域のみを濃縮してシーケンスするため、コストを大幅に低減できます。
  • 他のパネルをご希望の場合はご相談ください
  • Illumina社のNovaSeq 6000を用いて100PEでシーケンスを実施
    サンプル数や出力データ量に応じてNextSeqを用いる事も可能です(150PEとなります)
  • オプションでペアサンプルを用いた比較解析(SNV解析)が可能です
  • その他FASTQファイルからの解析もご相談いただけます
納品物
  • シーケンスデータ(FASTQファイル等)
  • 受託内容に応じた出力データや結果報告書
シーケンス仕様

ご要望の出力データ量に応じて使用するフローセルなどご提案いたします。

NovaSeq6000

フローセルタイプ 出力リード数(ペアエンド) 2 x 100 bp
SP (2 lane) 1,300-1,600 M 134-167 Gb
S1 (2 lane) 2,600-3,200 M 266-333 Gb
S2 (2 lane) 6,600-8,200 M 667-833 Gb
S4 (4 lane) 16,000-20,000 M 1,600-2,000 Gb

NextSeq500

フローセルタイプ 出力リード数(ペアエンド) 2 x 150 bp
High-Output 800 M 100-120 Gb

※出力データ量は目安であり、保証するものではありません。

サンプル条件
サンプル 精製ゲノムDNA
DNA量※ 100 ng 以上
濃度 10 ng/μL 以上
溶媒 DDW

※サンプルの定量はQubitで行って頂くことを推奨しております。
もし他の機器で測定される場合、測定機器名をお知らせ下さい。

解析例

16検体のエクソームシーケンス解析

ライブラリー作製キット Twist Library Preparation Kit+
Twist Human Core Exome+
Twist refSeq panel
使用機種 NovaSeq 6000
シーケンス方法 SPフローセル占有、100bpでのペアエンドシーケンス
平均データ量 10Gb/サンプル(CDSのシーケンス深度130x)
ご依頼の際は「試験内容確認書」をご準備頂き、メールでお問い合わせください。

宛先:promotion-g*cira-foundation.or.jpお手数ですがメール送信の際 * を@に変えてください。

pdf エクソームシーケンス解析「試験内容確認書」ダウンロード

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