品質評価試験 全ゲノムシーケンス解析
ゲノム解析
全ゲノムシーケンス解析
KAPA社の KAPA Hyper Prep Kit PCR-freeを用いて全ゲノムシーケンス用ライブラリーを調製した後、Illumina社の次世代シーケンサーを用いてシーケンスを行います。目標出力データ量をご相談いただけます。
iPS細胞およびiPS細胞由来細胞の解析では深度70X前後のシーケンスデータを用いて、SNV解析およびCNV解析を実施しています。
- KAPA社 KAPA Hyper Prep-kit PCR-freeを用いた全ゲノムシーケンス用ライブラリーの調製
- Illumina社の次世代シーケンサーを用いて150PEでシーケンスを実施
- オプションでペアサンプルを用いた比較解析（SNV/Indel解析および CNV解析）が可能です
- その他FASTQファイルからの解析もご相談いただけます
- シーケンスデータ（FASTQファイル等）
- 受託内容に応じた出力データや結果報告書
ご要望の出力データ量に応じて使用するフローセルなどご提案いたします。
NovaSeq6000
| フローセルタイプ | 出力リード数(ペアエンド) | 2 x 150 bp |
|---|---|---|
| SP (2 lane) | 1,300-1,600 M | 200-250 Gb |
| S1 (2 lane) | 2,600-3,200 M | 400-500 Gb |
| S2 (2 lane) | 6,600-8,200 M | 1,000-1,250 Gb |
| S4 (4 lane) | 16,000-20,000 M | 2,400-3,000 Gb |
NextSeq500
| フローセルタイプ | 出力リード数(ペアエンド) | 2 x 150 bp |
|---|---|---|
| High-Output | 800 M | 100-120 Gb |
※出力データ量は目安であり、保証するものではありません。
| サンプル | 精製ゲノムDNA |
|---|---|
| DNA量※ | 1 μg 以上 |
| 濃度 | 50 ng/μL 以上 |
| 溶媒 | DDW |
※サンプルの定量はQubitで行って頂くことを推奨しております。
もし他の機器で測定される場合、測定機器名をお知らせ下さい。
2検体の全ゲノムシーケンス解析
| ライブラリー作製キット | KAPA Hyper Prep Kit PCR-free |
|---|---|
| 使用機種 | NovaSeq 6000 |
| シーケンス方法 | SPフローセル占有、150bpでのペアエンドシーケンス |
| 平均データ量 | 100Gb（シーケンス深度 30x） |
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