品質評価試験 シングルセル解析（10x Genomics）
遺伝子発現解析
シングルセルRNAシーケンス解析
10x Genomics社のChromium Controllerを用いてシーケンス用ライブラリーを調製した後、Illumina社の次世代シーケンサーNovaSeq 6000を用いてシーケンスを行います。シングルセルRNAシーケンスやシングルセルATACシーケンスなどが可能です。
目標解析細胞数、出力データ量をご相談いただけます。
- 10x Genomics社 Chromium Controllerを用いたシーケンス用ライブラリーの調製
- シングルセルRNAシーケンス、シングルセルATACシーケンス他に対応可能です
- Illumina社の次世代シーケンサーを用いて10x社指定のモードでシーケンスを実施
- Cell Ranger Analysis Pipelineでの解析を実施します
- その他の解析もご相談いただけます
- Cell Ranger Analysis Pipelineを用いた解析結果（FASTQファイル等）
- 受託内容に応じた出力データや結果報告書
こ要望の出力データ量に応じて使用するフローセルなどご提案いたします。
NovaSeq6000
| フローセルタイプ | 出力リード数(ペアエンド) | 2 x 50 bp |
|---|---|---|
| SP (2 lane) | 1,300-1,600 M | 65-80 Gb |
| S1 (2 lane) | 2,600-3,200 M | 134-167 Gb |
| S2 (2 lane) | 6,600-8,200 M | 333-417 Gb |
NextSeq500
| フローセルタイプ | 出力リード数(ペアエンド) | 2 x 75 bp |
|---|---|---|
| High-Output | 800 M | 50-60 Gb |
| Mid-Output | 260 M | 16.25-19.5 Gb |
※出力データ量は目安であり、保証するものではありません。
| サンプル | 生細胞 |
|---|---|
| 細胞数 | 1.0x10^6 cells |
| 細胞密度 | 1.0x10^6 cells/ml |
| 生細胞率 | 80％以上 |
| 溶媒 | 1xPBS with 0.04% BSA |
- 4検体のシングルセルRNAシーケンス解析
- ライブラリー作製キット： Chromium Next GEM Single Cell 3' Reagent Kits v3.1
- 解析に用いる目的細胞数： 1検体3000細胞を目安
- 使用機種：NovaSeq 6000
- シーケンス方法：SPフローセル占有、ペアエンドシーケンス
- 平均データ量：300 Mリード/サンプル
関連サービス（準備中）
- デブリ、死細胞除去
- FACSソーティング
遺伝子発現解析
関連情報
- 研究者・企業の方
- iPS細胞ストックプロジェクトについてはこちら
- 研究者・企業の方
- iPS細胞ストック以外の研究用マテリアルご提供についてはこちら
- 研究・活動報告
- 当財団が過去に発表した論文等の情報はこちら
宛先：promotion-g*cira-foundation.or.jpお手数ですがメール送信の際 * を@に変えてください。