品質評価試験

全ゲノムシーケンス解析

KAPA社の KAPA Hyper Prep Kit PCR-freeを用いて全ゲノムシーケンス用ライブラリーを調製した後、Illumina社の次世代シーケンサーを用いてシーケンスを行います。目標出力データ量をご相談いただけます。

iPS細胞およびiPS細胞由来細胞の解析では深度70X前後のシーケンスデータを用いて、SNV解析およびCNV解析を実施しています。

特色
  • KAPA社 KAPA Hyper Prep-kit PCR-freeを用いた全ゲノムシーケンス用ライブラリーの調製
  • Illumina社の次世代シーケンサーを用いて150PEでシーケンスを実施
  • オプションでペアサンプルを用いた比較解析(SNV/Indel解析および CNV解析)が可能です
  • その他FASTQファイルからの解析もご相談いただけます
納品物
  • シーケンスデータ(FASTQファイル等)
  • 受託内容に応じた出力データや結果報告書
シーケンス仕様

ご要望の出力データ量に応じて使用するフローセルなどご提案いたします。

NovaSeq6000

フローセルタイプ 出力リード数(ペアエンド) 2 x 150 bp
SP (2 lane) 1,300-1,600 M 200-250 Gb
S1 (2 lane) 2,600-3,200 M 400-500 Gb
S2 (2 lane) 6,600-8,200 M 1,000-1,250 Gb
S4 (4 lane) 16,000-20,000 M 2,400-3,000 Gb

NextSeq500

フローセルタイプ 出力リード数(ペアエンド) 2 x 150 bp
High-Output 800 M 100-120 Gb

※出力データ量は目安であり、保証するものではありません。

サンプル条件
サンプル 精製ゲノムDNA
DNA量※ 1 μg 以上
濃度 50 ng/μL 以上
溶媒 DDW

※サンプルの定量はQubitで行って頂くことを推奨しております。
もし他の機器で測定される場合、測定機器名をお知らせ下さい。

解析例

2検体の全ゲノムシーケンス解析

ライブラリー作製キット KAPA Hyper Prep Kit PCR-free
使用機種 NovaSeq 6000
シーケンス方法 SPフローセル占有、150bpでのペアエンドシーケンス
平均データ量 100Gb(シーケンス深度 30x)
ご依頼の際は「試験内容確認書」をご準備頂き、メールでお問い合わせください。

宛先:promotion-g*cira-foundation.or.jpお手数ですがメール送信の際 * を@に変えてください。

pdf 全ゲノムシーケンス解析「試験内容確認書」ダウンロード

関連サービス

  • DNA抽出